石器时代的人们因为不满足于苇管单调的声音，所以在野兽的腿骨上打上洞，制造出的就是最原始的笛子——骨笛；现代长笛的祖先，并不同于现在的其他一些笛子。尖头笛和鸟嘴笛通常被认为是现代长笛真正的祖先，但这两者本身同长笛并没有直接的关系。在十七世纪前就已经相当流行的尖头笛，它本身的前身是一种古竖笛——一种结构简单，管身有音孔，同时又有音键的竖笛，靠簧片发声。这种小笛子在民间很流行，现在依然能找到它的变种。长笛另一个近亲祖先就是横笛，它的祖先是从亚洲流传而来的芦笛。横笛的特点是它已经不使用簧片，而是在管身侧面打开一个“吹口”，更接近于今天的长笛，但是横笛在十七世纪前的地位却是远远在竖笛之下，十七世纪后，横笛的优点才渐渐地被肯定，成为乐队中稳固的成员。而尖头笛本身的特点决定了自身的发展有限，在横笛日趋流行的时期，尖头笛慢慢地推出了历史的舞台，现在只有在古老的乐曲和博物馆中才能找到了。

        横笛不同于尖头笛的没落，横笛在发展过程中不断得到种种改进。音孔和音键的数量慢慢地增加到现代长笛的标准，并且设计出了分节的笛身——这种新的设计使得调音变得更容易。长笛必须的机械结构也得到逐步的增加，结构与今天的长笛已经十分的类似。

        其中与现代长笛最接近的是一种老式D调德国长笛，据记载这种德国长笛大约在1667年左右在管弦乐队中出现，自从芦笛从亚洲传入欧洲后，德国就是成为其发展的中心，德国长笛的名称也因此而来，不过这种德国长笛本身没有得到进一步发展，直到20世纪初，仍然保留了原来的特点和用途。这种德国长笛后曾在法国得到一些发展，之后传回了德国，德国的长笛演奏家兼数学家特奥巴尔德·彪姆Theobald Boehm (1794-1881) 根据之前英国人威廉·哥登的理论，设计制造了一种新式长笛：这种长笛使用的是金属的材料，金属材料的使用使长笛更耐用，零件更容易在工厂中批量制造，金属长笛的音量也比传统木长笛大，更适合在大型音乐厅表演。此外还有锥形的上管和管体厚度、音孔直径、音孔之间的距离等一系列特定的规格，这些数据使得长笛的音准进一步得到提高，这种长笛的设计中最重要的就是被称为彪姆系统的按键结构。彪姆系统是一种多键联动的设计，按下一个音键，与之关联的另一键也会自动按下，这样使一个手指就能按下两个音孔。